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Buenas tardes,

se trata de una sociedad limitada que va a vender un local, mi pregunta es, ¿esta venta la tiene que hacer con iva?
¿tiene que emitir una factura?

gracias de antemano

Con este "telegráfico" planteamiento no da para poder darte cumplida respuesta.
Mira de ampliar detalles:
1)-La S.L. vendedora a qué actividad se dedica.¿Sector inmobiliario? , o simplemente sector ordinario.
2)-Como está reconocido en balance de la vendedora este local.
3)-El local es nuevo o usado.
4)-El comprador a qué actividad funciona. ¿Podria solicitar la renuncia a la exención del IVA, en su caso?
5)-etc. etc. etc.

Te respondo:

1) no
2) en la cuenta 211 construcciones
3) usado
4) es autónomo (pintor)

Si el local que se vende está contabilizado en el Inmovilizado Material, tocará dar de baja sus valores contables a la fecha de la venta.La contrapartida dependerá de si la operación de venta genera beneficio (771) o pérdida(671).
La factura de venta, al tratarse de un inmueble usado queda exento del IVA, salvo renuncia expresa del comprador a tal exención. El abono también a la 671 o 771 según si se genera pérdida o beneficio.