REGULARIZACION IVA POR REQUERIMIENTO

[Avilla99]

Hola, soy nueva en el foro, a ver si me podéis orientar un poco en como proceder con un requerimiento de hacienda por iva del 2019. Os cuento los antecedentes
En el 4t/19 se presentó el modelo 303 solicitando el iva a devolver.
En ese trimestre se habían incluido facturas de abono cuyo importe ascendía a unos 20.000 mil euros de base imponible A mí no me cuadraban los cobros con lo que se había facturado y se lo comenté a mi jefe, que es el que hace la facturación, pero me dijo que no me preocupara que se había facturado lo que correspondía.
Pero a final de febrero cuando fui a presentar el 347, me comunica que efectivamente, había facturas de abono que se habían emitido por error (un importe aproximado de 12.000€ de base imponible). Le dije que hiciera facturas rectificativas de las facturas que no procedía haber emitido y de presentar una complementaria. El no le ha dado importancia y, además tuvo que cerrar por el COVID, pero a día de hoy sigue sin emitir las facturas rectificativas.
Nos ha llegado un requerimiento de Hacienda, piden todas las facturas rectificativas y a las que rectifica, y no sé muy bien cómo proceder, si informar de las que se emitieron por error y que ellos regularicen. O bien, hacer las rectificativas ahora y presentar complementaria, y en la contestación informar de que se ha presentado la complementaria, porque si las incluyo en la declaración del 2t/20 va a parecer que lo que se quería era traspasar ingresos de un año a otro, no?
A ver si me podéis orientar, gracias