390 REFLEJO RECUPERCION IVA IMPAGADOS

[ALFF]

Como registro las facturas rectificativas motivadas por la recuperación del IVA de morosos? En mi caso lo trato desde una doble visión:
a) el registro de la factura lo único que hago es registrar la cuota de IVA contra el cliente, ahora bien, uso el programa A3CON y para que esto aparezca en la liquidación de IVA no me queda mas remedio que contabilizar la factura con importe negativo por el total. Llevando el total factura a cliente (en negativo), a la 477 (la cuota) y a la 436 (La base imponible).

b) El problema se me plantea en el 390, ya que si quiero que cuadre la cifra de negocio, tengo que hacer una de las dos siguientes trampas:
1º Eliminar la casilla 29 (B.I. de modificación de bases imponibles) las bases de la operación y dejar en la 30 la cuota negativa. (CON ESTO CUANDO TRATO DE PRESENTARLO LA AEAT no me lo permite).
2º Modificar la casilla 99 de la cifra de negocios, ya que de no hacerlo, el chequeo de la administración del impuesto de sociedades con el 390 salta la alerta.

Alguien sabe la solución correcta al 390?